Nos últimos anos de sua vida e após sua morte, a reputação de bach declinou: sua obra era considerada fora de moda se comparada ao novo estilo "Classico" que surgia. Ele estava a muito tempo esquecido, Entretanto: ele era lembrado como interprete e professor, e como pai de seus famosos filhos [o mais notavel C. P. E. Bach]. Suas composiçoes mais apreciadas neste periodo eram suas peças para teclado, neste campo outros compositores continuaram a conhecer sua maestria. Mozart, Beethoven e Chopin estiveram entre os seus mais eminentes admiradores. Em uma visita a Thomasschule em Leipzig, Mozart ouviu a apresentaçào de um dos motetos [BWV225] e exclamou, "Agora, aqui existe algo da qual podemos aprender alguma coisa"; ao se deparar com as partituras dos motetos, "Mozart sentou-se, pôs as partituras ao seu redor, em ambas as mão, nos seus joelhos, e nas cadeiras proximas a ele. Esquecendo-se de tudo a seu redor, ele nao se levantou até que ele tivesse olhado toda a música de bach". Beethoven era também um devoto, aprendendo o cravo bem temperado quando criança e depois chamando Bach de "Urvater der Harmonie" [O pai verdadeiro da hamonia] e por sua famosa citação: "Nicht Bach, sondern Meer" ["Não riacho mas oceano, usando o significado literal de seu nome"]. Chopin geralmente se trancava antes de seus concertos e tocava as músicas de Bach.

A revivificação da reputação do compositor entre o grande público foi incitada em parte pela biografia escrita em 1802 por Johann Nikolaus Forkel, que foi lido por Beethoven entre outro. Göethe se aproximou relativamente tarde das obras de Bach, através de uma série de apresentaçoes de obras para teclado e Coral em Bad Berka no ano de 1814 e 1815; em carta de 1827 ele compara a experiencia de ouvir a musica de Bach ao "Diálogo da Harmonia eterna com nós mesmos". Mas foi Felix Mendelssohn quem fez mais para reavivar a reputação de Bach com sua apresentação em 1829 em Berlim da Paixão de São Mateus. Hegel, que assistiu a apredentação, mais tarde proclamou Bach como o "Grande e verdadeiro protestante, robusto e para assim dizer o genio erudito que só recentemente nos aprendemos a apreciar seu enorme valor". A promoção de Bach por Mendelssohn e o crescimento de sua reputação sontinuou nos anos subsequentes. A Bach Gesellschaft [Sociedade Bach] foi fundada em 1850 para promover suas obras, e mais tarde, após a segunda metade do século XIX publicar sua obra completa.

Depois disso a reputação de Bach permaneceu consistentemente alta. Durante o século 20 o processo de reconhecimento musical assim também como o valor pedagógico de suas obras continuou, talvez mais notavelmente pela promoção de suas suites para Cello executadas por Pablo Casals. Outro desenvolvimento tem sido o crescente aumento de execuçoes informadas historicamente, que se esforça por apresentar a musica como o compositor queria que fosse apresentada. Exemplo incluem as gravaçoes feitas em cravos com afinação barroca ao invés de serem usados os modernos pianos de cauda, e o uso de pequenos coros ou vozes solistas ao inves das grandes forças corais que eram muito utilizadas no século XIX e no inicio do século XX.

A contribuição de Johann Sebastian Bach na Música, ou pegando emprestado um termo popularizado por seu aluno Lorenz Christoph Mizler, "sua ciencia musical" são frequentemente comparadas a genialidade de William Shakespeare na literatura inglesa e Isaac Newton na Física.